Mikroorganismen, die im Innern von Pflanzen leben Endophyten (griech. endo = innen, phyton = Pflanze) - Bakterien oder Pilze - können in einer für beide Partner vorteilhaften Symbiose mit der Pflanze leben. Sie können den Pflanzenwirt aber auch schädigen und werden dann als Pathogene bezeichnet. Der Übergang zwischen diesen Zuständen ist fließend: So kann es sein, dass ein zunächst harmloser Endophyt bei Schwächung der Pflanze plötzlich eine Krankheit verursacht. Mit endophytischen Pilzen besiedelte Pflanzen wachsen in der Regel besser, sind widerstandsfähiger gegenüber Trockenheit, da sie mehr Wurzelmasse bilden, oder sind besser geschützt vor Insekten und Krankheiten. Sabine Lotz zertifizierte EM-Beraterin - Endophyten im Weidegras. Häufig produzieren endophytische Pilze auch Alkaloide, was die Pflanze vor Fraßfeinden schützt, sie aber als Futterpflanze unbrauchbar macht, da diese Stoffe für Schafe, Rinder oder Pferde sehr giftig sind (z. B. beim Weidegras Rohrschwingel). Je nach Definition werden auch wurzelbesiedelnde Mykorrhizapilze zu den Endophyten gezählt, denn sie wachsen nur teilweise im Innern von Pflanzen.
Bislang geht man davon aus, dass die Bedingungen in Mitteleuropa zu günstig sind (viel Regen), als dass Weidelgras so unter Stress geraten kann, das es für Tiere in Deutschland gefährlich würde. Allerdings war mit den langen, warmen Trockenperioden der letzten Sommer auf vielen Pferde-Weiden das Gras extrem unter Stress. Nur die besonders widerstandsfähigen Pflanzen konnten überleben. Pflanzen, die mit "besseren" Endophyten infiziert sind. Wenn das Wetter auch dieses Jahr (2018) so bleiben sollte, werden erneut nur die Graspflanzen auf den Weiden überleben, die lange Trockenheit und Verbiss überstehen. Außerdem konnte bereits im Jahre 2000 bei einer Doktorarbeit an der Universität Paderborn auf den Wiesen teilweise ein Gehalt festgestellt werden, der oberhalb der Toxischen Grenze für Rinder liegt. Pferde sind deutlich empfindlicher. Welche Krankheiten beim Pferd können durch Endophyten ausgelöst werden? Beim Weidelgras ist die Weidelgras-Taumelkrankheit, ( Rhyegrass-Stagger) Zeichen einer akuten Vergiftung.
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